Фамилия Майсун — редкая для русской ономастики, и её происхождение почти наверняка не славянское. В корне фамилии лежит арабское имя Майсун (Майсуна), которое носили женщины в арабских странах. Имя восходит к корню со значением «красивый», «прекрасный», «благородный». В истории известна Майсун бинт Бахдаль — жена халифа Муавии и мать халифа Язида, поэтесса VII века. Если в основе женское имя, фамилия могла образоваться по отчеству от матери (матрилинейная модель), что для тюркских и кавказских народов не редкость, но для русской традиции — исключение.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа Майсун без каких-либо русских суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это характерно для фамилий, заимствованных из других языков в готовом виде, без адаптации. Чаще всего такие фамилии встречаются у народов Северного Кавказа, в Закавказье, реже — у татар и башкир. В русском контексте фамилия могла закрепиться через браки или переселение, но её носители почти наверняка имеют восточные корни.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Майсун, данного человеку, который торговал или производил майсу — в некоторых тюркских языках так называли сладкое вино или напиток. Но эта гипотеза слабее, так как имя Майсун как личное имя в арабо-мусульманском мире распространено гораздо шире, чем нарицательное слово.

О сословной принадлежности носителей фамилии Майсун в Российской империи данных практически нет. В дореволюционных списках она почти не встречается, что говорит о её позднем появлении в русском документообороте — скорее всего, в XX веке. Географически фамилия тяготеет к южным регионам бывшего СССР: Дагестан, Чечня, Азербайджан, отчасти Средняя Азия.

В написании возможна вариативность: Майсун, Майсуна, Майсунова (если фамилия женская в русской грамматике). Но мужская форма Майсун не склоняется по правилам русского языка, что создаёт дополнительные сложности для носителей. В целом, это яркий пример фамилии-имени, пришедшей из арабской культуры через посредничество тюркских или кавказских народов.