Фамилия Мазаркина — женская форма, мужской вариант — Мазаркин. Её разбор стоит начать с суффикса: -ин указывает на принадлежность, то есть «чей?» — Мазаркин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Мазарка. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Основа «Мазар» неочевидна, и здесь есть две основные версии, причём одна из них значительно правдоподобнее. Первая и самая вероятная: в основе лежит тюркское слово «мазар» — могила, гробница, особенно почитаемое мусульманское захоронение. В русских говорах это слово могло закрепиться как прозвище человека, жившего у такого места, служившего при кладбище или имевшего мрачноватый, замкнутый нрав, который сравнивали с «могильной» тишиной. Фамилии с корнем «мазар» встречаются в Поволжье, Приуралье и на юге России — в зонах активных русско-тюркских контактов. География фамилии Мазаркин (и её вариантов) подтверждает эту привязку: её носители традиционно фиксируются в Оренбургской, Самарской, Саратовской областях и Башкортостане.

Вторая версия — от канонического имени Мазар, которое является народной формой крестильного имени Лазарь (из древнееврейского «Эльазар» — «Бог помог»). В диалектах «Л» могло перейти в «М» (ср. Малаша — от Мелания, или Матвей — от Матфей), а окончание уменьшилось до -ка. Однако в словарях русских народных форм имени Лазарь вариант «Мазар» не зафиксирован как широко распространённый, в отличие от тюркского «мазар». Поэтому версия о географическом или профессиональном прозвище убедительнее.

В написании фамилии обращает на себя внимание буква «з», а не «с»: в отличие от фамилии Масалкин (от «масалка» — кисть для смазки), здесь корень сохраняет звонкость, что указывает на заимствование из языка, где согласный не оглушался в начале слова. Редкий суффикс -к- в основе (Мазар-к-а) делает фамилию «живой» по происхождению: она возникла не от готового имени, а от прозвища, которое сначала звучало как «Мазарка» — так в быту называли человека, связанного с мазаром. Со временем это прозвище закрепилось за его потомками.

Таким образом, предок современных Мазаркиных, скорее всего, жил в южнорусском или поволжском регионе, где тюркское влияние было сильным, и получил прозвище по месту жительства или занятию — у мазара. Фамилия эта недворянская, крестьянская или мещанская, что типично для фамилий на -ин, образованных от прозвищ, а не от церковных имён.