Фамилия Мелидин — редкая и с неочевидной этимологией. Обычно такие фамилии разбирают по модели «от имени или прозвища + суффикс принадлежности» (-ин), но здесь основа ставит в тупик: в русском языке нет слова «мелида» или «мелид» в бытовом значении.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища, которое в свою очередь восходит к греческому имени Мелитон (Μελίτων). В народной русской традиции греческие имена часто усекались и русифицировались: Мелитон мог превратиться в Мелиду или Мелидю. Тогда Мелидин — это «сын Мелиды» или «человек из рода Мелиды». Такая модель типична для южнорусских и украинских земель, где было сильное влияние греческой церковной культуры через Киевскую академию и переселенцев из Византии. Подтверждение этому — фамилии Мелидов, Мелитонов, встречающиеся в тех же регионах.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: основа от тюркского слова «мели» (сладкий, медовый) или «мелид» (сладкозвучный). В таком случае фамилия могла возникнуть у народов Поволжья или Северного Кавказа, где русский суффикс -ин присоединялся к местным прозвищам при переходе в православие. Однако для этой гипотезы нет массовых подтверждений в ревизских сказках.

Особенность фамилии — её редкость. В дореволюционных справочниках и современных базах Мелидины почти не встречаются, что говорит о локальном происхождении: возможно, один род в конкретном селе или станице. Географически фамилия может быть привязана к Курской, Воронежской губерниям или к Кубани — областям, где смешивались русские, украинские и греческие потоки переселенцев.

Суффикс -ин указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, не принадлежал к высшему сословию (дворяне чаще получали фамилии на -ский). Мелидины — это, вероятно, крестьяне или однодворцы, получившие фамилию по имени или прозвищу главы семьи в XVII–XVIII веках.