Фамилия Мелькерис — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Сразу можно сказать, что она не вписывается в типичные для русских фамилий модели на -ов, -ин или -ский. Это указывает на то, что её корни, скорее всего, не русские, а прибалтийские или, что вероятнее, немецкие, с возможным влиянием литовского или латышского языков.

Разбор основы приводит к двум основным версиям. Первая: основа «Мелькер» может быть вариантом немецкой фамилии Melcher или Melker. В немецком языке слово «Melker» означает «доильщик», то есть человек, который доит коров, — профессия, распространённая в скотоводческих хозяйствах. Вторая версия связывает фамилию с личным именем Melchior (Мельхиор) — одним из трёх библейских волхвов, принёсших дары младенцу Иисусу. В средневековой Европе имя было популярным, и от него образовалось множество фамилий, в том числе Melcher. Суффикс «-ис» в окончании — типичный для литовских или латышских фамилий (сравните: Балтрушайтис, Киркилис), что указывает на возможную литуанизацию или латышизацию немецкой основы. Таким образом, предок носителя фамилии Мелькерис мог быть либо выходцем из немецких колонистов Прибалтики, либо местным жителем, чью профессию или имя «онемечили», а затем адаптировали к местному языку.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: Литве, Латвии, а также к бывшим немецким колониям на Волге или в Причерноморье, где фамилии с окончанием на согласный и редкими суффиксами нередко подвергались трансформации. В русском контексте фамилия могла быть записана при переписи населения или в церковных книгах именно в такой форме — как калька с немецкого через польское или литовское посредничество. Варианты написания могли быть: Мелькер, Мелькерс, Мелькери.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или ремесленной. Если брать за основу профессиональную версию (доильщик), то это указывает на работу в хозяйстве, возможно, на арендованной земле или в поместье. Если же версия с именем Мельхиор, то предок мог быть просто сыном или внуком человека по имени Мельхиор, что не даёт конкретных указаний на род занятий. Спор между этими версиями решается в пользу профессиональной: фамилии от названий профессий встречаются гораздо чаще, чем от редких имён, особенно в среде переселенцев, где прозвище по работе было более информативным, чем имя.