Фамилия Мелькишева происходит от прозвища Мелькиш из глагола «мелькать, мерцать, мельтешить» или «измельчать». Так могли называть либо того, кто часто мигает, либо помощника мельника. Мельник считался в народной культуре персонажем, который знается с нечистой силой, прежде всего с водяным. О мельниках рассказывали, что они заманивали прохожих и толкали их в омут или под колесо мельницы — иначе утонет сам мельник. Мельники действительно приносили жертвы водяным, бросая в воду дохлых животных, хлебные крошки и т.п.; по праздникам лили в воду водку; в Белоруссии при заморозках опускали под мельничное колесо кусок сала, иначе водяной слижет смазку с колеса; под дверь мельницы закапывали живьем черного петуха, а в самой мельнице держали животных черного цвета (петуха и кошку). Хозяин ветряной мельницы бросал в воздух несколько пригоршней муки, чтобы подул ветер. Таким образом, фамилия Мелькишева содержит указание либо на род занятий, либо на определенные внешние особенности предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мелькиш, со временем получил фамилию Мелькишева.