Фамилия Мелькуновы — самобытный памятник славянской культуры, и её происхождение уходит корнями в прозвище Мелькун. В основе, скорее всего, лежит глагол «мелькать» — то есть «мерцать, мельтешить», либо родственный ему «мельчить» — «измельчать». Если придерживаться этой версии, прозвище мог получить человек, который часто мигал, или же тот, кто обладал суетливым, надоедливым характером. Однако есть и другая, не менее правдоподобная гипотеза: Мелькуном могли называть человека по роду занятий — того, кто молол зерно ручным жерновом. В этом случае прозвище сближается с такими именованиями, как Мелец или Мельник, и указывает на профессиональное занятие предка.

Словообразовательная модель здесь простая и характерная для русских фамилий: прозвище Мелькун, оканчивающееся на твердый согласный, дало основу, к которой добавился патронимический суффикс -ов. Так образовалась фамилия Мелькунов, означающая буквально «сын Мелькуна». Подобный тип фамилий был широко распространен в славянской среде и закреплялся за потомками как наследственное именование.

Интересно, что у этой фамилии есть близкие родственники — Мельгуновы. В труде историка С. Веселовского записаны Мельгунов Борис Прокофьевич, 1595 год, Рязань, и Мельгунов Андрей Игнатьевич, 1676 год. Созвучие Мелькун и Мельгун не случайно: оба прозвища могли возникнуть из одного корня, связанного с мельканием или измельчением, но в разных говорах звучали по-разному. Это говорит о том, что процесс формирования фамилии не имел жесткой привязки к одной местности и мог идти параллельно в разных регионах.

Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мелькун, со временем получил фамилию Мелькунов. Безусловно, она представляет собой замечательный памятник славянской культуры, но окончательно говорить о точном времени и месте её происхождения можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.