Фамилия Меньшойкин образована от прозвища или некалендарного имени Меньшой. В древнерусской традиции «меньшим» называли младшего сына в семье — того, кто уступал старшим братьям по возрасту и, как правило, по наследственным правам. Имя Меньшой (или Меньшик) было распространено в крестьянской и посадской среде: оно не несло уничижительного оттенка, а просто указывало на порядок рождения. Отчества и фамилии на «-ой» в основе (Меньшой → Меньшойкин) встречаются реже, чем на «-ий» или «-а», и это сразу выделяет фамилию среди однокоренных.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Если от имени Меньшой образовать фамилию по обычному правилу, получилось бы Меньшов (как от Толстой — Толстов). Но в русской ономастике действовал и другой механизм: притяжательное прилагательное с суффиксом «-ин» могли присоединять к полной, нестяжённой форме имени — Меньшойка. То есть сначала возникло обиходное Меньшойка (ласкательное или уменьшительное к Меньшой), а уже от него — Меньшойкин. Такой путь типичен для северорусских и сибирских говоров, где «канье» и сохранение полных форм имени встречалось чаще.

География фамилии подтверждает это предположение. Меньшойкины исторически фиксируются в Вятской, Пермской и Вологодской губерниях — регионах, куда в XVII–XVIII веках шёл активный поток переселенцев с Русского Севера и где фамилии на «-ин» от имён на «-ой» не были редкостью. В переписных книгах встречаются как крестьяне, так и посадские люди с этим прозвищем: например, в Соликамском уезде в 1647 году упомянут «Меньшойко Иванов сын», что прямо указывает на бытование исходной формы.

Любопытно, что фамилия Меньшойкин не породила массы вариантов, в отличие от Меньшиков (от Меньшик) или Меньшов. Это говорит о локальном бытовании: носители не расселялись широко, а фамилия закрепилась в узком кругу семей. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования упоминаются как примеры «окающих» говоров, где «меньшой» произносилось с чётким «о», а не с редуцированным звуком.

Спорных версий немного: некоторые любители связывают корень с «меньшевик», но это анахронизм — фамилия сформировалась за столетия до появления политического термина. Единственная реалистичная альтернатива — что Меньшойкин могло быть уличным прозвищем, данным не по возрасту, а по росту или комплекции (человек небольшого роста). Но в документах XVI–XVII веков имя Меньшой последовательно указывает именно на младшего сына, так что эта версия менее убедительна.