Фамилия Мерзанинов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается нерусская, скорее всего, тюркская основа. Если отбросить патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), мы получим основу Мерзанин, а в ней — корень Мерзан. Этот корень почти наверняка восходит к тюркскому имени Мерзан (или Мирзан), которое представляет собой искажённую форму арабского титула «мирза» (от «амир-заде» — «княжич», «сын эмира»). В татарской, башкирской и других тюркских средах такие имена-титулы были распространены: Мирзан, Мурзан, Берзан — всё это варианты одного исходного слова.

Таким образом, первый носитель фамилии Мерзанинов — это, вероятнее всего, «сын Мерзана», то есть человек, чьего отца звали Мерзан. Само имя Мерзан в XV–XVII веках могло быть как личным именем, так и прозвищем-титулом, указывающим на знатное или служилое происхождение предка. Нередко такие фамилии возникали в среде служилых татар или обрусевших мурз, переходивших на службу к московским князьям.

Обратите внимание на суффикс -ин- в основе Мерзанин. В русской фамильной модели это редкий двойной суффикс: сначала -ин (притяжательный, как в «мамин»), а затем -ов (патронимический). Такая форма часто встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или имён, которые уже имели суффикс -ин: например, Марьин → Марьинов, или, в нашем случае, Мерзанин → Мерзанинов. Это лишний раз подтверждает, что фамилия сложилась не в крестьянской среде, а в приказной или служилой, где фиксировали полную родословную цепочку.

Других убедительных версий происхождения нет. Связывать фамилию с русским словом «мерзавец» или «мёрзнуть» было бы ошибкой: фонетически это возможно, но исторически маловероятно, поскольку суффикс -анин в русских прозвищах почти не встречается, а в тюркских именах — сплошь и рядом. Фамилия редкая, географически тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары и башкиры. В дореволюционных справочниках Мерзаниновы не фигурируют среди дворянских родов, что указывает на их происхождение из однодворцев или государственных крестьян, сохранивших память о тюркском предке.