Фамилия Мещененко — классический пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых на территории Украины, изначально означал «маленький», «сын» или «потомок». Таким образом, носитель фамилии Мещененко — это, в прямом смысле, «сын Мещени» или потомок человека с прозвищем Мещеня.

Ключ к пониманию фамилии кроется в основе «Мещен-». Скорее всего, в её основе лежит прозвище Мещеня, которое могло быть образовано от слова «мещанин». В Речи Посполитой, а затем и в Российской империи мещанами называли городских жителей, не принадлежащих к дворянству или духовенству, — ремесленников, мелких торговцев, владельцев домов. Прозвище Мещеня могло указывать на человека, который переехал в город из села и стал мещанином, либо на того, кто вёл себя по-городскому, носил соответствующую одежду или имел городской род занятий. В украинском языке слово «міщанин» звучит как «міщанин», что фонетически близко к основе «Мещен-». Встречаются и фамилии с таким же корнем: Мещенин, Мещанинов, Мещеряков, но последняя, скорее всего, связана с этнонимом «мещеряк» (народность).

Вторая, менее вероятная версия, связывает основу с диалектным словом «меща» — так в некоторых говорах могли называть мелкую рыбу или что-то мелкое, незначительное. Тогда прозвище могло быть дано невысокому человеку.

Исторически фамилия Мещененко наиболее характерна для левобережной Украины, в частности для Черниговской, Полтавской и Сумской областей. Судя по распространённости, это фамилия казацкой или крестьянской среды, которая окончательно закрепилась в XVIII–XIX веках, когда оформление фамилий стало обязательным. Никакого отношения к дворянству или высшим сословиям она не имела. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладали в великорусских землях, украинский суффикс -енко чётко указывает на происхождение носителя — с территории современной Украины.