Фамилия Мигукин образована от прозвища Мигука, которое, предположительно, восходит к глаголу «мигать» - «моргать». Вероятно, это прозвище отражало особенности поведения предка. Так могли назвать того, кто часто моргал. Возможно также, что это прозвище указывало на черты характера его обладателя. Прозвище Мигука могло принадлежать рассеянному или невнимательному человеку. Прозвище Мигука достаточно древнее. Так под 1572 годом упоминается крестьянин из Новгорода Богдан Мигука. Так и прозвище Мигука закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Мигукин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мигука, со временем получил фамилию Мигукин.