Фамилия Мигукин образована от прозвища Мигука, которое восходит к глаголу «мигать», то есть «моргать». Так могли назвать человека, который часто моргал, — и это, скорее всего, отражало не просто физическую особенность, а манеру поведения или склад характера. Рассеянный, невнимательный, словно бы постоянно «промаргивающий» что-то важное, человек легко получал такое прозвище в деревне, где острый глаз и сноровка ценились высоко.

Само прозвище Мигука не единично в русской ономастике. Оно встроено в ряд однокоренных именований: Мигай, Мигаль, Мигунов. Все они образованы от той же глагольной основы, но с разными суффиксами, что указывает на живую народную традицию словообразования. Форма с суффиксом -ук-/-юк- (Мигука) типична для северо-западных русских говоров и для украинского влияния, хотя в данном случае перед нами, судя по всему, исконно русское образование.

Прозвище Мигука достаточно древнее. Под 1572 годом в новгородских землях упоминается крестьянин Богдан Мигука. Это раннее свидетельство показывает, что прозвище бытовало уже в XVI веке и не было случайным или редким. Новгородчина — регион, где фамилии на -ин и -ов формировались рано и активно, так что появление фамилии Мигукин именно там закономерно.

Фамилия Мигукин закрепилась за потомками этого человека или его однофамильцев по модели «чей сын?» — Мигукин, то есть сын Мигуки. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность к отцу или главе семьи, и в этом смысле фамилия Мигукин ничем не отличается от тысяч других отчественных фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а.

Сегодня фамилия Мигукин встречается нечасто, но её носители живут в разных регионах России. Поиск по базам данных показывает, что большинство современных Мигукиных сосредоточено в центральной России и Поволжье, что может говорить о миграции предков из новгородских земель в более южные и восточные области в XVII–XVIII веках. Впрочем, точных данных о массовом переселении нет, и это лишь предположение, основанное на типичных путях расселения крестьян.

Если говорить о значении фамилии для её носителя сегодня, то она сохраняет память о далёком предке, которого окружающие запомнили по привычке быстро и часто моргать. В этом нет ничего обидного — прозвища в старину давали по самой заметной черте, и она не всегда была недостатком. Иногда за таким прозвищем стояла наблюдательность или задумчивость человека, который смотрел на мир чуть прищурившись.