Фамилия Мигукина — женская форма, в исходном мужском варианте звучит как Мигукин. Она принадлежит к распространённому типу русских фамилий с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Мигукин, то есть сын или потомок Мигуки. Сама основа Мигук- — это, скорее всего, производная форма от личного имени или прозвища.

В основе фамилии лежит глагол «мигать» или существительное «миг». В русских говорах слово «мигук» могло означать человека, который часто моргает, щурится или имеет привычку быстро, незаметно подмигивать. Такие прозвища по физической особенности или манере поведения давали очень часто: Мигун, Мигай, Мигуля. От них через уменьшительно-ласкательные суффиксы -ук/-юк (как в словах «внук», «пастух») и образовалось имя Мигук — буквально «маленький мигающий» или «сын Мигуна». Фамилия Мигукин, таким образом, означает «потомок того, кого звали Мигук».

В ономастике такая модель встречается реже, чем фамилии на -ов/-ев, но она типична для северных и центральных областей России, где активно использовались прозвищные имена на -ук/-юк. В отличие от фамилий Мигунов или Мигачёв, которые образованы от полных прозвищ, Мигукин сохранила более «домашнюю», внутрисемейную форму имени предка. Это может говорить о том, что основатель рода был известен в узком кругу именно под этим уменьшительным прозвищем.

Версия о происхождении от неканонического имени Мигук (а не от крестильного) наиболее правдоподобна. В дохристианской и раннехристианской Руси прозвища по внешним признакам были обычным делом, и фамилия Мигукина — живое свидетельство того, как простое наблюдение за поведением человека закрепилось в родовом имени.