Фамилия Миколишен — один из тех редких случаев, когда по одному только суффиксу можно довольно точно определить регион происхождения носителей. Формант «-ен» в фамилиях — характерная черта украинской ономастики, особенно западных областей. В русской традиции фамилии на «-ен» почти не встречаются, в то время как на Украине они образуют целый пласт: от имён и прозвищ (Ткаченко, Коваленко) добавляли суффикс «-енко», а в некоторых говорах и при польском влиянии он мог редуцироваться до «-ен» или «-еня». Миколишен — это, скорее всего, форма от «Миколишенко» (сын Миколи), где конечное «-ко» со временем отпало или было усечено при русификации.

Корень фамилии — Микола, просторечная украинская форма имени Николай. В народе имя Николай (греч. «победитель народов») звучало как Миколай, а в бытовой речи — как Микола. Отсюда и пошли многочисленные Миколенко, Миколайчук, Миколашин. Миколишен стоит в том же ряду: основа «Микол-» плюс суффикс принадлежности «-иш-» (сравните: Денис — Денишен, Лука — Лукишен) и окончание «-ен». Такая модель встречается в фамилиях, образованных от имени отца с уменьшительным или прозвищным суффиксом «-иш-», который в украинском языке придавал оттенок «маленький» или «сын». То есть Миколишен — это буквально «сын Миколиши» (Миколишки), где Миколиша — ласкательная форма имени Микола.

Географически фамилия тяготеет к западной Украине, в частности к Волыни, Галичине и Подолью. В дореволюционных переписях и метрических книгах Миколишен встречается в основном среди крестьянского и мещанского сословия, что типично для «сыновьих» фамилий, закрепившихся в XVIII–XIX веках. В более восточных регионах и в России фамилия почти не фиксируется — её носители, как правило, потомки переселенцев с Украины в советское время.

Стоит упомянуть, что существует и версия о польском следе. В польском языке есть фамилия Mikoliszyn, где суффикс «-yszyn» (аналог русского «-ишин») также указывает на происхождение от имени Микола. Однако форма Миколишен, с твёрдым «ш» и окончанием «-ен», ближе к украинской фонетике. Если бы фамилия была польской, она чаще писалась бы как Миколишин или Миколишын. Так что украинское происхождение — основная и наиболее обоснованная версия.

С точки зрения социального контекста, Миколишен — фамилия, которая не даёт намёка на дворянское происхождение или принадлежность к духовенству. Это типичная «отчество-прозвище» земледельца или ремесленника, где в основе лежит простое и распространённое имя. Носителю фамилии стоит обратить внимание на украинские архивы и записи о крестьянских родах: именно там, в метрических книгах сёл Волыни или Подолья, скорее всего, и живут корни Миколишенов.