Фамилия Миланка сразу обращает на себя внимание суффиксом -к-, который в русских фамилиях встречается реже, чем стандартные -ов/-ев или -ин. Этот суффикс характерен для украинской и белорусской традиции. Чаще всего фамилии на -ка, -ко, -енко образовывались от личных имён или прозвищ и указывали на конкретного человека: Миланка — это потомок того, кого в быту звали Милан, Милана или Миланко.

В основе фамилии лежит славянское имя или прозвище Милан. Оно образовано от корня «мил-» (милый, любимый) с помощью суффикса -ан, который в древнерусском и старославянском придавал уменьшительно-ласкательное или усилительное значение. Имя Милан было широко распространено у южных славян (сербов, хорватов, болгар), но встречалось и в западных регионах Древней Руси. В русских землях оно могло быть как крестильным именем (редким, народным вариантом канонических Емельян или Милий), так и прозвищем для ласкового, доброго человека.

География фамилии Миланка тяготеет к западу и югу России, а также к Украине и Белоруссии. В документах XVII–XVIII веков носители этой фамилии фиксируются в Черниговской, Киевской, Полтавской губерниях — регионах, где были сильны украинские традиции словообразования. Встречается также вариант Миланко, особенно в казацкой среде. На территорию центральной России фамилия попала позже, в основном с переселенцами или через смешанные браки.

Спорных версий у фамилии Миланка немного. Иногда её пытаются связать с итальянским городом Милан, но это натяжка: для России и Украины топонимические фамилии на -ка скорее исключение, чем правило. Правдоподобнее объяснение через личное имя Милан, которое в русской среде могло также звучать как Миля, Милка. Суффикс -ан давал форму Милан, а потом фамилия закрепилась в «уменьшительном» виде Миланка — как «сын Милана».

В современной России фамилия Миланка редкая. Встречается в основном в Ростовской области, Краснодарском крае, на юге Урала — в местах, куда в XIX–XX веках переселялись украинские крестьяне. Фамилия не дворянская, не купеческая. Предки Миланок — скорее всего, крестьяне или казаки. Имя Милан могло быть дано ребёнку как ласковое прозвище, а потом закрепилось за целым родом.