Фамилия Милицианов — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка связано не с прозвищем или ремеслом, а с духовным сословием. Основа фамилии — слово «милиция», но не в современном значении «полиция», а в латинском militia — «военная служба, войско». В русской церковной среде XVIII–XIX веков было принято давать будущим священникам «говорящие» фамилии, образованные от латинских и греческих корней, часто с книжным, возвышенным смыслом. Так появились Милициановы, Милицинские и другие подобные фамилии.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Милицианов, то есть сын или потомок Милициана. Но перед нами не каноническое имя, а искусственно созданная семинарская фамилия. Скорее всего, её дали ученику духовной семинарии или академии в честь какого-либо христианского понятия, связанного с «воинством» — например, в память о «воинстве небесном» или о святых воинах-мучениках. В русских святцах есть имя Милиций (от лат. militis — «воин»), и Милицианов — это его притяжательная форма: «принадлежащий Милицию». Однако имя Милиций было крайне редким, и фамилия могла возникнуть и прямо от латинской основы, минуя личное имя.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям Российской империи, где было много духовных училищ, но массового распространения не получила. В дореволюционных метрических книгах Милициановы встречаются единично, чаще всего в среде сельских священников и дьячков. После революции 1917 года носители фамилии могли сменить её из-за неблагозвучной ассоциации с советской милицией, поэтому сегодня Милицианов — редкость даже по сравнению с другими семинарскими фамилиями.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с такими же книжными образованиями, как Десницкий (от «десница»), Сперанский (от лат. spero — «надеюсь»), Бенедиктов (от лат. benedictus — «благословенный»). Все они — продукт церковной школы, где латынь была языком обучения. Милицианов — не про службу в органах правопорядка, а про церковное «воинство Христово», что и даёт ключ к пониманию фамилии.