Фамилия Миркенова — редкий пример, где основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или арабо-персидская, но оформлена по русской словообразовательной модели. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся корень Миркен. В нём легко угадывается арабское «мир» (эмир, повелитель, владыка) или «мир» как «мир, вселенная» (от араб. ‘ālam), но в тюркских языках это слово чаще означало «господин, предводитель». Вторая часть — «кен» — могла быть тюркским словом со значением «широкий, просторный» (кен, кең) либо уменьшительным аффиксом. Таким образом, исходное личное имя или прозвище Миркен можно перевести как «широкий господин» или «великий владыка» — скорее почётное, чем бытовое прозвище.

Однако есть и другая, более прозаичная версия. В тюркских языках (особенно в казахском, татарском, башкирском) имя Миркен могло быть народной формой арабского имени Мурад (желанный) или Муртаза (избранный), переосмысленной через созвучие с «мир». В любом случае, фамилия Миркенова указывает на то, что предок носителя был мусульманином, жившим в среде, где русская администрация или церковь записывала фамилии по отчеству: Миркенов сын — Миркенов.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья, Южного Урала и Казахстана. Встречается у татар, башкир, казахов, а также у русских, чьи предки жили в смешанных с тюрками областях. Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что фамилия оформилась в русской канцелярской традиции, а не в тюркской (где была бы форма Миркеновы или Миркенулы). Социальный контекст: носители такой фамилии — скорее всего, потомки не знати, а свободных крестьян или служилых людей, так как «мир» в имени не обязательно указывал на реальную власть, а часто был просто благозвучным компонентом.

В написании фамилии возможна путаница: иногда встречается вариант Миркенова с буквой «ё» (Миркёнова), но это исключение. Ударение в русском произношении, как правило, падает на второй слог: Мирке́нова. Родственная ей фамилия Миркенов (мужская форма) встречается чаще, но обе они — одна ономастическая пара.