Фамилия Мишкан — редкий случай, когда на стыке славянских и тюркских языков возникает неочевидная, но устойчивая словообразовательная модель. В отличие от привычных Мишин, Мишков или Мишутин, здесь нет суффикса принадлежности (-ов, -ин). Фамилия застыла в форме, которая в русском языке характерна для кратких прилагательных или прозвищного имени, оканчивающегося на -ан: Мишкан, Иван, Степан. Но если Иван и Степан — полные календарные имена, то Мишкан — это разговорная или диалектная форма от Михаил, образованная с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ан. Такие имена (Михан, Петран, Васькан) были распространены в северных и сибирских говорах, где окончание -ан нередко заменяло литературное -а: Миша → Мишкан.

Есть и вторая версия, более редкая, но лингвистически оправданная для южных и восточных регионов. В тюркских языках (татарском, башкирском) слово «мишкән» или «мишкан» может означать «плакса», «нытик» или, в некоторых диалектах, «медвежонок» (от «миш» — медведь). Если предки носителя фамилии жили в Поволжье или на Урале, где русские и тюркские фамилии нередко смешивались, то Мишкан могло быть прозвищем, которое затем закрепилось как фамилия без дополнительных суффиксов. Такая модель — чистый корень без оформления — типична для фамилий тюркского происхождения, попавших в русскую среду (ср. Башкан, Кушкан).

Географически фамилия Мишкан встречается крайне неравномерно. По данным открытых источников, основная масса носителей сосредоточена на юге России (Краснодарский край, Ростовская область) и в Беларуси. Это может указывать на западнорусское или белорусское происхождение, где суффикс -ан в прозвищах был особенно активен. В белорусском языке форма «Мішкан» — вполне обычное производное от «Міхась» или «Мішка», а фамилии без суффиксов -ов/-ин там встречаются чаще, чем в великорусских губерниях.

Социальный портрет предка Мишкана, скорее всего, невысок: крестьянин или ремесленник, которого в быту звали уменьшительно-ласкательным именем. Фамилия не дворянская, не духовная — она из тех, что фиксировали прозвище, данное в семье или деревне. Если верна тюркская версия, то предок мог получить прозвище за характер (плаксивый) или за внешнее сходство с медведем — в любом случае, прозвище было настолько устойчивым, что перешло в официальную фамилию без изменений.