Фамилия Мишканцова — редкий случай, когда географический акцент в основе почти не оставляет сомнений в происхождении. Вопреки интуитивному желанию искать корень в имени Михаил (Миша), фамилия образована не от него. Её основа — топоним Мишканцы. Так называется несколько деревень на территории современной Беларуси и в прилегающих районах Польши (например, Мишканцы в Гродненской области или на Подляшье). Жителя такой деревни называли «мишканец» — по названию места. Суффикс -ц- в основе указывает на принадлежность к населённому пункту (ср. «калужанин» от Калуга, но здесь модель «мишканец» от Мишканцы). Фамилия Мишканцов, а в женском роде Мишканцова, — это типичный «географический» патроним, точнее, топонимическая фамилия, которая закрепилась за выходцем из этих мест.

Словообразовательная модель проста: к основе «Мишканц-» (корень топонима плюс суффиксальный элемент -ец-) добавили русский патронимический суффикс -ов-. Получилось «чей?» — Мишканцов, то есть «потомок того, кто из Мишканцев». Суффикс -ов в таких фамилиях работал как стандартный маркер принадлежности, не меняя значения прозвища. Важно, что фамилия не могла возникнуть от прозвища «Мишканец» (в смысле «медвежатник» или «человек с медвежьей повадкой») — слово «мишка» в значении «медведь» появилось позже и дало бы форму Мишкин или Мишков, но не Мишканцов. Поэтому версия с топонимом — единственная убедительная.

Сам топоним Мишканцы, скорее всего, восходит к древнему балтскому или славянскому личному имени Мишко (уменьшительное от Мирослав или Добромысл в западнославянских диалектах) с добавлением суффикса принадлежности -ан-. То есть название деревни означало «люди Мишка» или «поселение Мишка». Таким образом, носитель фамилии Мишканцов — это дальний потомок человека по имени Мишко, который когда-то основал или владел хутором, а его жителей стали называть по этому имени.

Фамилия почти не встречается за пределами западных регионов России, Беларуси и восточной Польши. Это не столичная, не дворянская фамилия — её носители, вероятнее всего, были крестьянами или мещанами из мелких местечек бывшей Гродненской губернии или соседних уездов Царства Польского. В написании нет путаницы: окончание -ова однозначно указывает на женскую форму, а мужская — Мишканцов. Другие варианты (Мишканцев, Мишканцёв) встречаются, но редко и отражают местное произношение.