Фамилия Мишняков образована от прозвища или имени Мишняк, а то, в свою очередь, — от имени Михаил. В основе лежит народная, разговорная форма Миша с характерным восточнославянским суффиксом -няк. Этот суффикс в русских фамилиях встречается реже, чем стандартные -ов, -ев или -ин, и придаёт основе оттенок принадлежности или характерности: Мишняк — «тот, кто относится к Мише», «Мишин человек» или просто «большой Миша». В говорах суффикс -няк мог также означать предмет или лицо, связанное с действием, но здесь он, скорее всего, усиливает именную основу.

Фамилия строится по классической отческой модели: Мишняк + -ов, то есть «сын Мишняка». Первые носители фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди из северных и центральных областей России, где были распространены такие «уличные» фамилии на -яков. В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные варианты вроде Мишняковы из Вятской и Пермской губерний, что указывает на возможное расселение по волжскому и уральскому направлениям.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «мишняк» могло быть не только производным от имени, но и диалектным прозвищем для медведя (от «мишка»), но эта версия менее вероятна — прозвища такого типа обычно закреплялись за охотниками или людьми с медвежьей внешностью, однако прямых подтверждений в ономастических словарях нет. Основной и самый надёжный путь — от имени Михаил через промежуточную форму Мишняк.

Фамилия не относится к числу распространённых аристократических, но и не является редкой: её носители встречаются в Поволжье, на Урале и в Сибири, что типично для фамилий, возникших в среде крестьянства и мещанства. С точки зрения словообразования Мишняков стоит в одном ряду с фамилиями Котляков, Кожемяков, Бортняков — все они образованы от прозвищ на -як, которые в старину обозначали человека по занятию или характерному признаку, но в данном случае признак — это родство с Михаилом.