Фамилия Мисис — один из тех редких случаев, когда современная запись почти неотличима от исходного слова, но за этим словом скрывается не имя, не ремесло, а греческое церковное понятие. Чтобы понять происхождение, нужно заглянуть в словари греческого языка и вспомнить историю христианства на юге России.

Основа фамилии — «мисис» (греч. μίσης), что означает «ненависть», «вражда». На первый взгляд прозвище звучит мрачно, но в православной традиции так могли назвать не злого человека, а монаха или аскета, который принял «подвиг мисиса» — то есть добровольное отвращение от мирских благ и страстей. Это не бытовое прозвище, а скорее духовное имя-прозвище, которое давали в монастырской среде или в греческих общинах Причерноморья. Встречается также вариант «Мисюс» — с южнорусским смягчением.

Поскольку фамилия образована без типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), она могла закрепиться в неизменном виде у греков, которые жили в Крыму, на Кубани или в Приазовье. В XIX веке греческие переселенцы нередко получали паспорта с записью просто по прозвищу или имени отца, без добавления фамильных формантов. Так «Мисис» и осталось в документах.

Встречается фамилия и у болгарских переселенцев: в Болгарии «мисис» — диалектное слово, означающее «уксус» или «кислое вино». Если предок происходил из болгарских сел Бессарабии или Таврии, то прозвище могло быть связано с профессией винодела или просто с кислым характером. Обе версии имеют право на существование, но греческая — с церковным подтекстом — выглядит более убедительной, так как слово «мисис» в значении «ненависть» встречается в богослужебных текстах, а винодельческий термин — локальный и редкий.

Сейчас фамилия Мисис — большая редкость. В России её носители живут в Краснодарском крае и Ростовской области, где исторически селились греки. Встречается она и на Украине, в Запорожской области. Известных деятелей культуры или науки с такой фамилией нет — это типичная фамилия одного корня, сохранившаяся в узком кругу потомков греческих или болгарских переселенцев.