Фамилия Мистулов — редкий случай, когда географический и сословный след просматривается чётче, чем этимология корня. Она почти наверняка указывает на осетинское происхождение, точнее — на принадлежность к фамильной группе (осет. «мыггаг») Мистуловых, известных в Дигории (Северная Осетия). В осетинской среде фамилии на -ов — это уже обрусевшая форма, возникшая после вхождения Осетии в состав Российской империи: осетинские родовые имена адаптировали под русскую модель патронимов, добавив суффикс принадлежности.

Сам корень «Мистул» возводят к осетинскому «мист» (мышь) или к «мистæг» (мышиный). Прозвище могло относиться к человеку юркому, невысокому, незаметному — или, напротив, к тому, кто ловил мышей, то есть к охотнику на мелких грызунов. В народной осетинской ономастике прозвища от названий животных обычны, и «мышиная» фамилия не воспринималась как обидная: скорее, как бытовая характеристика. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «мысты» (острый, едкий) — если предки контактировали с кавказскими тюрками.

В Российской империи Мистуловы — это не крестьяне, а военная и служилая знать. Фамилия встречается среди офицеров Терского казачьего войска, куда записывали осетин-дворян. Например, в списках Георгиевских кавалеров XIX века есть несколько Мистуловых — полковники и ротмистры, участники Кавказской войны. Это значит, что носитель фамилии с высокой вероятностью потомок осетинского уорка (дворянина), перешедшего на русскую службу и получившего права дворянства.

Суффикс -ов здесь вторичен: исходная осетинская форма — Мистулта (множественное число от мыггага). В русском языке фамилию закрепили с типичным для XIX века окончанием, так что по модели образования она ничем не примечательна — интересна именно основа, привязанная к маленькому, но цепкому зверьку.