Фамилия Мистюнина — женская форма фамилии Мистюнин, и её разговорная модель образования (с суффиксом -ин) сразу указывает на то, что в основе лежит прозвище или имя, оканчивающееся на -а/-я. В русской ономастике суффикс -ин — один из самых распространённых патронимических показателей, означающий «чей?»: Мистюнин — «сын Мистюни». Но кто такой Мистюня?

Здесь начинается самое интересное. Корень «Мист-» в русских фамилиях редок и не лежит на поверхности. Скорее всего, Мистюня — это производная форма от крестильного имени Мстислав (древнерусское «мстислав» — «славный мститель»). В просторечии имя могли сокращать и переделывать: Мстислав → Мстиша → Мистя → Мистюня. Это типичная для русских говоров модель: усечение основы и добавление уменьшительно-ласкательного суффикса -юн-/-юн- (как в именах Иван → Ванюня, Григорий → Гринюня). Таким образом, Мистюнин — это «внук или сын Мистюни», то есть человека, которого в семье или в деревне звали ласково, но неофициально Мистюней.

Впрочем, есть и альтернативная, но менее вероятная версия — от географического названия. В бассейне Дона и в некоторых записях XVII века встречается топоним Мистюнино (например, деревня в бывшей Тульской губернии). В таком случае фамилия могла возникнуть как прозвище выходца оттуда: «Мистюнин» — «пришлый из Мистюнина». Однако для фамилий на -ин первична всё-таки патронимическая модель, а географические прозвища чаще давали с суффиксом -ский (Мистюнинский), так что версия с именем надёжнее.

Географически фамилия Мистюнина встречается рассеянно, но с заметным скоплением в центральных и южных областях России — в Тульской, Липецкой, Воронежской областях. Это согласуется с бытованием имени Мстислав в древнерусской среде именно в этих краях, где долго держались архаичные формы имён. Социально предки современных Мистюниных — скорее всего, крестьяне или однодворцы, потому что фамилии на -ин в простонародье давались по имени отца без сословной помпы, и лишь изредка их носили мелкие служилые люди.

Так что если вы Мистюнина, ваша родовая история тянется к человеку, которого в быту звали Мистюня, а полное его имя, скорее всего, было Мстислав. Имя редкое, княжеское по происхождению, но в народе оно обросло ласковым суффиксом и стало фамилией, которая звучит просто и по-домашнему.