Фамилия Могудинов звучит непривычно для русского уха, и это не случайно. Её основа — не славянская, а тюркская. Скорее всего, в её основе лежит личное имя Могудин, которое, в свою очередь, восходит к арабскому имени Магди или Махди (от арабского «аль-махди» — «ведомый [Богом]», «праведный»). В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, звук «х» часто выпадает или заменяется, поэтому «Махди» превратилось в «Магди», а затем в «Могуди». Фамилия образована по самой распространённой русской модели — с помощью патронимического суффикса -ов, который добавляется к основе, оканчивающейся на согласный. Таким образом, Могудинов — это «сын Могудина», а Могудин — уменьшительная или обиходная форма от Магди.

Встречается эта фамилия преимущественно в регионах с компактным проживанием татар, башкир, а также среди кавказских народов, например, у кумыков. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии не фиксировались, потому что их носители были либо мусульманами, либо крещёными татарами, но счёт шёл по отчеству, а не по фамилии. Оформление в наследственную фамилию у Могудиновых произошло, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда началась массовая паспортизация населения Российской империи.

Интересная деталь: ударение в фамилии, вероятно, падает на третий слог — МогудИнов, что типично для фамилий тюркского происхождения, русифицированных суффиксом. Если бы основа была славянской, ударение чаще стояло бы на втором слоге (МогУдинов) или на окончании (МогудинОв). Эта особенность произношения — один из ключей к происхождению. Не стоит путать фамилию с редким топонимом — в Дагестане есть село Мугутдин, но это другое имя (Мугутдин — от арабского «Мухиддин»), хотя и близкое по звучанию и корням.