Фамилия Мохнатова — женская форма фамилии Мохнатов, и её происхождение прозрачнее, чем кажется на первый взгляд. В основе лежит прилагательное «мохнатый», то есть покрытый шерстью, волосами или пухом. Такое прозвище в старину давали человеку с густыми волосами или бровями, либо тому, кто носил одежду из меха или грубой шерсти — например, овчинный тулуп. В русских говорах слово «мохнатый» могло относиться и к неухоженному, лохматому человеку, что тоже служило поводом для прозвища.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище Мохнатый → основа Мохнат- → суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Мохнатого). Суффикс -ов в этой фамилии нередко путают с -ев, но здесь он закономерен: основа оканчивается на твёрдый согласный. Фамилия Мохнатов встречается в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, где прозвища по внешности были распространены, а суффикс -ов преобладал.

Любопытная деталь: фамилия Мохнатова не имеет отношения к слову «мох» в значении растения, хотя на слух это кажется вероятным. Если бы корень был «мох», форма звучала бы как Мохов или Моховиков. Здесь же прямая связь с «мохнатый» — и это подтверждается однокоренными фамилиями Мохначёв, Мохнаткин, которые образуются от тех же основ, но с разными суффиксами. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные прозвищные фамилии отнесены к группе, описывающей внешность, без дополнительных социальных или сословных оттенков.

Споров о происхождении почти нет: версия с прозвищем — единственная убедительная. Альтернативные гипотезы (например, от тюркского «мохнат» как «пушистый») не подкреплены ни географией, ни историческими источниками — фамилия остаётся исконно русской, с корнем в народной речи.