Фамилия Мохнатый принадлежит к древнему пласту русских прозвищных фамилий, которые закреплялись за человеком по его внешнему виду или манере поведения. В основе лежит существительное «мохна» — так в старину называли пучок шерсти, мохор или клок. От него образовалось прозвище Мохнатый, которое давали человеку с длинными, всклокоченными волосами, либо тому, кто носил одежду шерстью наружу — например, тулуп или кожух. Такая одежда была практичной в деревне, но выделяла человека среди других, поэтому прозвище быстро прилипало и переходило в фамилию.

Образована фамилия по типичной для русской ономастики модели: прозвище на -ый превратилось в фамилию без дополнительного суффикса, что встречается реже, чем привычные Мохнатов или Мохнаткин. Такая форма указывает на относительно раннее закрепление прозвища в качестве родового имени, когда фамилии ещё не унифицировались под влиянием приказной бюрократии. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с таким именованием, но массового распространения фамилия не получила, оставшись скорее локальной.

В народных представлениях волосы считались сосредоточием жизненной силы человека. Они, как и шерсть, символизировали богатство, изобилие и счастье. Поэтому прозвище Мохнатый могло нести не только описательный, но и пожелательный смысл — подчёркивать силу и удачливость носителя. С волосами связывали множество поверий: выпавшие при расчёсывании волосы нельзя было бросать где попало, чтобы ведьмы не сделали наговор, а злые люди не наслали порчу. Волосы затыкали в щели стен, зарывали в землю, закапывали на перекрёстке или клали под камень — так их защищали от чужого воздействия.

Версия о связи фамилии с животным миром, например с медведем, которого в народе называли мохнатым, менее убедительна: медвежьи прозвища обычно давали по поведению или силе, а здесь первично именно указание на волосяной покров. Также не стоит путать фамилию с топонимической — Мохнатый не образован от названия места, в отличие от фамилий вроде Мохначёв, которые могли возникнуть от реки или урочища.

Сегодня фамилия Мохнатый встречается в разных регионах России, но чаще всего в Сибири и на Урале, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из центральных губерний. Носители фамилии могли быть как крестьянами, так и казаками, поскольку прозвищные фамилии в казачьей среде тоже были распространены. Точных данных о знаменитых представителях рода нет, но это не умаляет ценности фамилии: она сохранила память о том, как в старину люди различали друг друга по внешности и как относились к волосам как к источнику силы.