Фамилия Мохнаткина образована от прозвища Мохнатка, которое, в свою очередь, восходит к нарицательному слову «мохна». В словаре В. И. Даля «мохна» — это мохор, пучок шерсти или клок. Человек с длинными всклокоченными волосами или тот, кто носил одежду шерстью наружу, легко получал такое прозвище. Вторая версия, менее распространенная, связывает прозвище с растением мохнаткой — так в некоторых говорах называли пушистые травы и цветы, но версия с волосами выглядит убедительнее: она объясняет, почему прозвище закрепилось за конкретным человеком.

В народных представлениях волосы считались сосредоточением жизненной силы. Они, как и шерсть, символизировали богатство, изобилие и счастье. Существовало поверье: выпавшие при расчесывании волосы нельзя бросать — ведьмы могли сделать наговор на их обладателя, а злой человек наслать порчу. Поэтому волосы затыкали в щели, зарывали в землю, закапывали на перекрестке или клали под камень. Прозвище Мохнатка, данное по такой примете, не было обидным — скорее, указывало на силу и здоровье.

Суффикс -к- в прозвище Мохнатка придает ему уменьшительно-ласкательный оттенок, что характерно для бытовых именований в северорусских и сибирских говорах. Фамилия Мохнаткин с суффиксом -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мохнаткин, то есть сын, потомок Мохнатки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а: Смирнов от Смирна, Губин от Губа. Аналогичные фамилии — Мохнатов, Мохначёв, Мохнач — встречаются в документах с XVII века, что подтверждает давнюю традицию таких именований.

Географически фамилия Мохнаткина чаще встречается в Поволжье и на Урале, где прозвища с основой «мохн-» фиксируются в переписных книгах. Впрочем, это не значит, что род происходит именно оттуда: фамилия могла возникнуть независимо в разных местах. Сословной принадлежности фамилия не отражает — прозвище Мохнатка могли дать и крестьянину, и посадскому человеку, и казаку.

Таким образом, потомок человека по прозвищу Мохнатка со временем получил фамилию Мохнаткин. Она хранит память о предке, которого окружающие запомнили по густым волосам или одежде с шерстью наружу, и о древних верованиях, связывавших волосы с удачей и защитой от зла.