Фамилия Мокшонова — женская форма фамилии Мокшонов. В её основе лежит прозвище или мирское имя Мокшон, а то, как оно возникло, даёт сразу две версии, и обе по-своему убедительны.

Первая и самая прямая версия — этническая. Мокша — это один из двух основных субэтносов мордвы (наряду с эрзей). В русских землях выходца из мокшанских земель или человека, говорившего по-мокшански, могли прозвать Мокшей, а его сына или потомка — Мокшонком. Суффикс -онк в русских фамилиях Поволжья и северных областей часто указывал на уменьшительность или принадлежность: Мокшон — это «маленький мокша» или «сын мокши». Со временем форма на -ов закрепила отчество: «чей?» — Мокшонова, то есть дочь или жена человека по прозвищу Мокшон.

Вторая версия — гидронимическая. В Мордовии и соседних областях есть несколько рек с названием Мокша (правый приток Оки). Житель на берегу такой реки легко получал прозвище Мокшон — «живущий на Мокше». Для русского уха разница между названием народа и названием реки не принципиальна: в обоих случаях корень один, и прозвище звучало одинаково.

Фамилия Мокшонова — довольно редкая. Её географическая привязка, скорее всего, — восточная часть Рязанской области, Мордовия, Пензенская и Нижегородская области, где мордовское население исторически было многочисленным. Суффикс -он- в основе — нечастый: помимо Мокшонова, по той же модели образованы, например, фамилии Ершонов, Прыгунов или Козлонов. Но в отличие от них, у Мокшонова корень не апеллятивный (нарицательное слово), а ономастический — имя собственное народа или реки.

Сословного барьера у фамилии не было: мокшане в XVII–XIX веках были в основном государственными крестьянами, но могли быть и мещанами, и казаками. Фамилия не указывает на дворянство или духовенство — это типичная крестьянская или посадская фамилия восточнорусского пограничья.