Фамилия Мокшенинова хранит память о происхождении своего рода, и у нее, как у многих старых русских фамилий, нет единственного, раз и навсегда установленного толкования. Специалисты по ономастике предлагают несколько версий, и каждая по-своему интересна. Самая распространенная связывает основу фамилии с этнонимом «мокша» — так называют одну из групп мордовского народа. В этом случае прозвище Мокшеня, от которого пошла фамилия, прямо указывало на национальную принадлежность предка: так в русских деревнях могли прозвать выходца из мордвы, и это было не оскорблением, а скорее бытовой приметой, отличительной чертой человека.

Впрочем, есть и другое, не менее правдоподобное объяснение. В ярославских говорах существовало слово «мокшан» — так называли речное судно. Если принять эту версию, то прозвище Мокшеня попадает в разряд «профессиональных» именований: оно могло указывать на род занятий предка, который был судостроителем или моряком, человеком, чья жизнь была тесно связана с рекой и плаванием по ней.

Третья гипотеза уводит в сторону церковных имен. Возможно, Мокшеня — это народная, производная форма крестильного имени Мокий, которое в переводе с греческого означает «насмешник». Такое уменьшительное имя было вполне в духе русской традиции, где церковные имена в быту часто переделывали на свой лад.

С точки зрения словообразования фамилия Мокшенинова — это отчество второго порядка. Сначала появилось прозвище Мокшеня, затем от него образовалось отчество Мокшенин (сын Мокшени), а уже от него — фамилия Мокшенинов, то есть внук или потомок Мокшени. Такая модель — не редкость для русских фамилий, она показывает, как постепенно, через несколько поколений, личное прозвище или имя закреплялось в качестве наследственного родового именования.