Фамилия Мокшенинов — редкий пример отчества сразу второй ступени. Если разложить её на части, то цепочка получается такой: Мокшеня → Мокшенин (сын Мокшени) → Мокшенинов (внук Мокшени). То есть фамилию носил не сын, а уже внук человека с прозвищем или именем Мокшеня. Такая модель встречается реже, чем простые отчества на -ов и -ин, и часто указывает на то, что фамилия закрепилась в крестьянской или посадской среде не раньше XVII века, когда трёхступенчатые именования стали нормой.

Сам корень — Мокшеня — породил несколько версий, и все они имеют право на жизнь. Самая прямая отсылает к этнониму «мокша» — так называют одну из групп мордовского народа. В этом случае прозвище Мокшеня могло указывать на национальность основателя рода или на его происхождение с мордовских земель. В пользу этой версии говорит простота: прозвища по этнической принадлежности были распространены повсеместно, а мокшане жили в непосредственном соседстве с русскими землями.

Вторая версия уводит в ярославские говоры, где словом «мокшан» называли речное судно. Если Мокшеня — производное от этого слова, то перед нами «профессиональное» прозвище: так могли прозвать моряка, судостроителя или человека, который водил баржи по Волге. Ярославль и окрестности — центр речного судоходства, так что гипотеза выглядит убедительно, хотя и уступает этнонимической по простоте.

Третья версия связывает Мокшеню с крестильным именем Мокий, которое в переводе с греческого означает «насмешник». Мокий — редкое имя, и его уменьшительные формы вроде Мокша или Мокшеня вполне могли возникнуть в народной среде. Однако здесь есть слабое место: от Мокия естественнее ждать форм вроде Мокиев или Мокеев, а переход в «Мокшеню» требует дополнительных допущений.

Сам суффикс -ен- в основе Мокшенинов — тоже любопытная деталь. Он мог появиться под влиянием имён на -еня (например, Тишеня, Парфеня), которые были популярны в северных и поволжских говорах. Это косвенно поддерживает версию о мордовском или поволжском следе: именно в этих краях такие формы встречались чаще всего.

Точных сведений о первых носителях фамилии и их сословии нет. Но сама структура фамилии — отчество второго порядка, а не фамилия-прозвище — говорит о том, что род был достаточно старым и успел пройти все этапы становления русских фамилий: от личного прозвища к отчеству и уже потом к наследственной фамилии.