Фамилия Мокшенинов, по одной из версий, образована от прозвища Мокшеня, восходящего к этнониму «мокша» - «группа мордовского народа». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Мокшеня отражало национальную принадлежность основателя фамилии. Возможно также, что прозвище Мокшеня этимологически связано с распространенным в ярославских говорах словом «мокшан» - «речное судно». В таком случае прозвище Мокшеня, скорее всего, относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности предка: он мог быть моряком или судостроителем. Согласно еще одной гипотезе, в основе фамилии Мокшенинов лежит имя Мокшеня, производная форма мужского крестильного имени Мокий, которое в переводе с греческого означает «насмешник». Фактически фамилия Мокшенинов представляет собой отчество второго порядка: Мокшенинов, сын Мокшенина, внук Мокшени. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мокшеня, со временем получил фамилию Мокшенинов.