Фамилия Монаенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс исторически указывал на сына или потомка человека, названного в основе: Монаенко буквально означало «сын Мона́я». Сама основа, Монай, — это народная, разговорная форма канонического имени. Чаще всего за ней стоит крестильное имя Манойло, украинский вариант имени Эммануил (в переводе с древнееврейского — «с нами Бог»). Усечение Манойло до Монай произошло по типичной для восточнославянской речи схеме: отбросили первый слог, а оставшуюся часть адаптировали под уменьшительно-ласкательный суффикс -ай.

Впрочем, не исключена и вторая, более прозаичная версия. В украинских говорах слово «мона́» или «мона́й» могло быть прозвищем для человека медлительного, нерасторопного, «мнущегося» на месте. В таком случае фамилия Монаенко закрепилась бы за потомком человека с подобной характеристикой. Однако первая версия — от имени — выглядит предпочтительнее, поскольку прозвищная основа «монай» встречается в письменных источниках реже, чем производные от Эммануила.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине — зоне активного бытования фамилий на -енко. В России Монаенко встречается значительно реже, обычно у потомков переселенцев с Украины в XVIII–XIX веках. Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане, поскольку модель на -енко была распространена во всех слоях украинского общества.