Фамилия Монакер — редкая и неочевидная для русского уха. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, перед нами не типичная русская фамилия, образованная от отчества или прозвища с помощью патронимического форманта. Скорее всего, Монакер — это фамилия, пришедшая в русскую среду из другого языка, причем в довольно позднее время, возможно, в XIX–XX веках.

Самый вероятный источник — идиш или немецкий язык. Фамилия может восходить к немецкому «Monacker» или «Monach», что связано с понятием «монах». В среде ашкеназских евреев фамилии, образованные от названий профессий или социальных ролей, были распространены. «Монакер» могло означать либо человека, имевшего отношение к монастырю (например, служку или арендатора), либо быть прозвищем, данным за аскетичный образ жизни или внешность. В пользу этой версии говорит и типичный для немецко-еврейских фамилий суффикс -ер, указывающий на деятеля.

Другая, менее вероятная, но возможная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках есть корень «мона» или «мана», означающий «болезнь», «страдание», но сочетание с -кер встречается редко и скорее является случайным созвучием. Поскольку фамилия не имеет широкого распространения в Поволжье или на Северном Кавказе, эта гипотеза слаба.

Географически фамилия Монакер встречается в основном на территориях бывшей черты оседлости — в Украине, Беларуси, Молдове, а также в еврейских общинах крупных городов России. Это подтверждает связь с ашкеназским миром. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия фиксируется в Киевской, Подольской и Волынской губерниях.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: она не склоняется по падежам в мужском роде (Монакер, Монакеру, Монакером) и не имеет женского варианта через окончание -а, что типично для фамилий на согласный. Это дополнительно указывает на её иноязычное происхождение и относительно позднюю фиксацию в русском языке. В отличие от однокоренных фамилий вроде Монахов или Монастырский, Монакер не связан с православной монашеской традицией, а отражает бытовое или административное прозвище в иной культурной среде.