Фамилия Мордопукин — из тех, где значение лежит на поверхности, но не спешите с выводами. Первая основа, «морд-», может относиться к морде животного или, в старорусском просторечии, к лицу человека, часто с оттенком пренебрежения. Вторая часть, «пук-», от глагола «пукать» (лопаться, издавать глухой звук) или от диалектного «пука» — что-то надутое, шишка. Соединившись, эти корни давали прозвище человеку с одутловатым, круглым или нелепым лицом. Скорее всего, так нарекли кого-то за внешность — полного, с пухлыми щеками, или с необычной мимикой.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Мордопукин — сын Мордопуки. Прозвище Мордопука было неласковым, но в крестьянской среде XV–XVII веков такие имена не считались оскорбительными: их давали для узнаваемости, и они легко закреплялись в документах. Фамилии на -ин чаще всего встречались на севере и в центральной России, но точную географию бытования Мордопукиных проследить трудно из-за редкости.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от названия местности или ремесла, но ни одна из известных ономастических работ не фиксирует топоним «Мордопуки» или «Мордопукино». Словарь Б. Унбегауна «Русские фамилии» не упоминает этот пример, что говорит о его локальности и малой распространённости. Скорее всего, Мордопукины — потомки одного-двух родов, а не массовая фамилия.

Написание устойчиво: ударение, по законам русской фонетики, падает на последний слог — Мордопýкин. В дореволюционных записях могла встречаться форма «Мардопукин» (через «а» из-за аканья), но ядро оставалось тем же. Носителям фамилии стоит помнить: предок был человеком с яркой внешностью, и прозвище, хоть и грубоватое, не несло в себе злого умысла — скорее, меткую народную наблюдательность.