Фамилия Мордынская — вариант женского рода, но в разговоре о происхождении мы имеем в виду мужскую форму Мордынский. Эта фамилия принадлежит к распространённой в русской ономастике группе фамилий на -ский/-цкий, которые в массе своей указывают на географическое происхождение или принадлежность к определённому месту. В отличие от фамилий на -ов/-ев или -ин, которые часто образуются напрямую от имени или прозвища отца, фамилии на -ский в XVIII–XIX веках активно давались выходцам из духовенства, польской шляхты и переселенцам, менявшим фамилию по названию села или города.

Основа Мордын- скорее всего восходит к названию населённого пункта. В России и на Украине существовали и существуют сёла и хутора с корнем Морд-: Мордынка, Мордыново, Мордынь. Наиболее вероятная версия — топоним Мордынь. Такое название могло произойти от прозвища Морда (в старину — не обязательно обидное, иногда так называли человека с крупными чертами лица или даже маску, личину) или от диалектного слова «морда» в значении «мордач, крепыш». Однако не исключено, что в основе лежит этноним — древнее название народа мордва, хотя для этого потребовалась бы промежуточная форма (например, село Мордовское). Прямая связь с мордвой менее вероятна: суффикс -ын- в фамилии не характерен для этнических прозвищ.

Если смотреть на словообразовательную модель, то Мордынский — это типичная «топонимическая» фамилия, образованная с помощью суффикса -ск- от названия села Мордынь или Мордынка. Владелец такой фамилии, скорее всего, был либо помещиком, владевшим этим селом, либо священником, который взял фамилию по месту службы (семинарские фамилии часто давались по названию прихода). В среде крестьян и мещан фамилии на -ский до середины XIX века встречались реже, поэтому носитель фамилии Мордынский с высокой вероятностью принадлежал к духовному сословию или к мелкопоместному дворянству.

В написании фамилии возможна путаница: встречается вариант Мордынская (женский род) и Мордынский. Редкий суффикс -ын- в основе (не путать с притяжательным -ин-) добавляет фамилии специфику: он может указывать на принадлежность к чему-то, но не к человеку, а к месту («мордынский» — то есть относящийся к Мордыни). По сравнению с однокоренной фамилией Мордовин, которая строится по патронимической модели (сын Мордовы), Мордынский выглядит более «книжным» и поздним по происхождению.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским регионам, где распространены топонимы с корнем Морд- (Черниговская, Смоленская, Брянская области). Встречаемость фамилии невысокая, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного, возможно, исчезнувшего села.