Фамилия Мотькина образована от имени Мотька — просторечной, обиходной формы сразу двух канонических имен: мужского Матвей (с древнееврейского — «дарованный богом») и женского Матрена (с латинского — «женщина»). Такое совпадение не редкость в русской ономастике: уменьшительные формы разных имен нередко сходились в одном звучании, и различить, чье именно имя легло в основу конкретной семьи, уже невозможно.

Вероятнее всего, основатель рода Мотькиных был человеком из простого сословия. Уменьшительная форма с суффиксом -к- типична для бытового, нецерковного общения: так звали человека дома, на улице, в трудовой артели, но не в официальных документах. Когда в среде крестьянства и посадских людей начали массово закрепляться фамилии, потомков такого Мотьки и записали как Мотькиных — по отцу или главе семьи.

Существует и вторая версия, менее правдоподобная: что Мотька — это не имя, а прозвище. В этом случае его могли дать человеку, который занимался мотанием пряжи, — в северных и центральных губерниях такой род занятий был обычным делом. Но у прозвищной версии есть слабое место: глагол «мотать» в значении «наматывать нить» давал бы производные вроде Моталь, Мотало, а форма Мотька естественнее всего ложится именно на сокращение от Матвей или Матрена.

При этом в народной речи слово «мотька» имело и переносный смысл — так могли назвать мота, гуляку, кутилу, расточителя. Эта краска добавила прозвищной версии второе дыхание: мол, Мотькой прозвали человека не за ремесло, а за характер. Однако и здесь лингвисты склоняются к тому, что имя-основа первичнее: прозвище от глагола «мотать» в значении «тратить» обычно оформлялось иначе, а вот имя Мотька зафиксировано в быту повсеместно.

Фамилия Мотькина образована по самой распространенной русской модели — от личного имени через притяжательное прилагательное с суффиксом -ин. Этот суффикс присоединялся к основам на -а/-я, поэтому форма Мотькин (а в женском роде Мотькина) звучит естественно и не требует дополнительных преобразований.

Однокоренные фамилии — Матвеев, Матренин, Мотин, Матюхин — разошлись по разным ветвям одного именного гнезда. Мотькины стоят особняком: их фамилия сохранила именно ту просторечную форму имени, которая в документах встречалась реже, чем полная, а потому точную дату возникновения рода установить сложнее. Но сам факт, что фамилия устоялась и дошла до наших дней, говорит о том, что Мотька для предков был человеком заметным и уважаемым — иначе его потомков записали бы иначе.