Фамилия Мотько — редкий пример, где суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Если бы фамилия оканчивалась на -ов или -ин, её смело можно было бы считать русской. Но формант -ко — это почти стопроцентный маркер украинского или белорусского происхождения. В данном случае перед нами типичная западнорусская (белорусская) или украинская фамилия, образованная по модели, распространённой в этих регионах.

Основа фамилии — Моть-, которая восходит к разговорной форме крестильного имени Матвей. В народной речи имя Матвей (др.-евр. «дар Яхве») сокращалось до Мотя, Мотька. Суффикс -ко в украинско-белорусской традиции выполнял роль уменьшительно-ласкательного или патронимического (указывал на сына, потомка). Таким образом, Мотько — это «маленький Мотя» или «сын Моти». Фамилия закрепилась за человеком, которого в округе знали по этому прозвищу.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: связь с древним славянским корнем *mot-, который дал слова «мотать», «моток». В этом случае прозвище Мотя мог получить человек, занимавшийся сматыванием ниток, верёвок или просто суетливый, непоседливый. Однако в контексте фамилий эта версия уступает имени Матвей, так как подавляющее большинство фамилий на -ко образовано именно от имён.

В польском языке существует схожая фамилия Motko, которая иногда записывается как Motćko. Это может указывать на то, что часть носителей фамилии Мотько имеет польские корни, особенно если учитывать, что на землях бывшей Речи Посполитой фамилии с суффиксом -ко были распространены у всех трёх народов — поляков, белорусов и украинцев. В любом случае, фамилия Мотько — это не привозная и не случайная, а местная, возникшая в крестьянской или мещанской среде, где имя Матвей было обычным, а прозвища — естественным способом идентификации человека.