Фамилия Мотькин — это классический пример русской «полуотчества»: её основа — не полное каноническое имя, а его просторечная, обиходная форма. В основе лежит имя Мотька, которое в старину было универсальным сокращением сразу для двух имён: мужского Матвей (древнееврейское «дар Бога») и женского Матрёна (латинское «почтенная женщина», «госпожа»). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мотькин буквально значит «сын Мотьки», «ребёнок Мотьки». Такая модель была одной из самых распространённых в русских фамилиях, особенно в северных и центральных областях России, где отчество от обиходного имени часто вытесняло форму от полного.

Интересно, что двойная природа имени-основы оставляет открытым вопрос: чей именно потомок носил фамилию — Матвея или Матрёны. В большинстве случаев фамилии на -ин от женских имён возникали, когда мать была вдовой или главой семьи, либо когда речь шла о внебрачном ребёнке. Однако для Мотькина это скорее исключение: мужская форма имени Матвей была настолько популярна в деревне, что вероятность происхождения от него значительно выше.

Существует и альтернативная, но менее убедительная версия — от прозвища Мотька, не связанного с именем. В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который занимался мотанием пряжи (мотальщик), или, напротив, к моту — гуляке и расточителю. Эта гипотеза правдоподобна лишь отчасти: в говорах слово «мотька» в значении «мот» действительно встречалось, но как самостоятельное прозвище оно употреблялось редко. Чаще то же слово служило ласкательным обращением к Матвею или Матрёне, поэтому версия с именем выглядит естественнее.

Отдельного внимания заслуживает суффикс -кин, а не более частотный -ов. Фамилии на -ин традиционно образовывались от основ, оканчивающихся на -а/-я, и Мотькин здесь точно вписывается в правило. Но в отличие от фамилий типа Матвеев (от полного имени), Мотькин сохранил в себе живую разговорную форму, которая в XVII–XVIII веках, когда фамилии только закреплялись, звучала гораздо привычнее для уха, чем сегодня.

Среди однокоренных фамилий — Матвеев, Матвеичев, Матренкин, Моткин. Последняя, кстати, могла писаться и через «о», и через «а» (Маткин), что создавало путаницу в документах. Учитывая, что имя Матрёна в народной среде было очень распространено, часть носителей фамилии Мотькин наверняка ведёт род от женщин с этим именем, но установить это без генеалогических изысканий невозможно.

Честно говоря, точных сведений о том, в каких губерниях фамилия встречалась чаще всего, в открытых источниках мало. Но по модели образования и по аналогии с похожими фамилиями можно предположить, что её носители были крестьянами или посадскими людьми, а сама фамилия закрепилась где-то в центральной России или Поволжье.