Основой фамилии Мотькин послужило имя Мотька. Скорее всего, фамилия Мотькин образована от имени Мотька – просторечной формы имен Матвей (в переводе с древнееврейского языка – «дарованный богом») и Матрена (в переводе с латинского языка – «женщина»). Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Мотькин происходит от прозвища Мотька. Поэтому можно предположить, что Мотькой могли называть того, кто занимался мотанием пряжи. Так, Мотькой иногда называли мота, гуляку, кутилу, расточителя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мотька, со временем получил фамилию Мотькин.