Фамилия Можаркин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а географический объект, причём с неочевидной историей. Она образована по стандартной русской модели: к основе «Можарк» добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Можаркин, то есть сын или потомок Можарка). Сама же основа напрямую связана с названием реки Можарка, которая протекает в Рязанской области, правый приток Оки.

Исходное прозвище «Можарка» или «Можарок» давали человеку, который жил на этой реке, перебрался с её берегов или владел там землёй. Название реки, в свою очередь, имеет финно-угорские корни: в языках народов мери и муромы корень «мож-» мог означать «мокрый», «болотистый» или «топкий». Таким образом, Можаркин буквально — «житель с Мокрой речки». Эта версия куда правдоподобнее, чем связь с тюркским словом «можар» (вид оружия или воин), поскольку географическая привязка к конкретной местности подтверждается документами.

Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами Рязанской и соседних областей. Это так называемый «гнездовой» тип, когда целый род получал фамилию по месту, где обосновался. По сути, Можаркин — это фамилия-топоним, которая сохранила память о малой родине, а не о занятии или внешности предка. В дореволюционных переписях носители чаще всего записаны как крестьяне или однодворцы, что неудивительно для рязанского региона. Суффикс -ин подсказывает, что фамилия сложилась не позднее XVII века, когда модель на -ов/-ев уже вытесняла более древнюю форму на -ин, но в центральных губерниях она держалась дольше.