Фамилия Можарцев — одна из тех, где основа очевидна, а вот исходное слово успело забыться. В её основе лежит слово «можар» — так в южных и центральных говорах называли можжевельник. Человек, получивший прозвище Можар, мог жить рядом с зарослями этого кустарника, заниматься его заготовкой или просто выделяться какой-то чертой, которую соседи связывали с этим растением. Суффикс -ев- в фамилии указывает на принадлежность: Можарцев буквально означает «сын Можаря» или «из рода Можара».

Словообразовательная модель здесь стандартная для русских фамилий: прозвище на -арь (как Бондарь, Псарь, Гусар) дало форму Можар, а затем через притяжательное прилагательное Можарцев. Интересно, что «можар» — не единственное диалектное название можжевельника: в разных областях его называли вересом, яловцом, арсой. Поэтому фамилия Можарцев географически привязана к тем регионам, где было в ходу именно это слово — преимущественно южнорусские и среднерусские губернии.

Менее вероятная, но встречающаяся в любительских разборах версия связывает фамилию с тюркским словом «можар» — так называли кочевников-мадьяр (венгров) в древнерусских летописях. Однако эта гипотеза слаба: прозвище от этнонима «можар» давало бы фамилию Можаров или Можаринов, а форма с суффиксом -ец типична для названий по месту жительства или роду занятий, а не по племенной принадлежности.

Судя по распространённости, Можарцевы встречаются нечасто, что говорит о локальном происхождении фамилии — скорее всего, она возникла в одном или нескольких соседних сёлах, где прозвище Можар было в ходу. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в основном в крестьянской среде, без связи с дворянскими родами. Таким образом, предок современного Можарцева был, скорее всего, крестьянином или ремесленником, которого за глаза называли по характерному признаку — месту жительства или занятию, связанному с можжевельником.