Фамилия Мухлякова — женская форма фамилии Мухляков, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Мухляк. В основе лежит глагол «мухлевать», то есть жульничать, обманывать, хитрить, особенно в карточной игре. Прозвище Мухляк давали человеку нечестному, склонному к плутовству, либо тому, кто славился изворотливостью и умением выходить сухим из воды. В русских говорах слово «мухляк» могло означать и просто проныру, ловкача.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: основа прозвища (Мухляк) плюс типичный суффикс принадлежности -ов-. Фамилия Мухляков (и её женская форма Мухлякова) указывает на потомка человека по прозвищу Мухляк. Суффикс -як- в прозвище характерен для разговорной, часто пренебрежительной или фамильярной, оценки: ср. простак, добряк, толстяк. Таким образом, прозвище звучало не как официальное имя, а как бытовая характеристика.

Фамилия редкая, не относится к числу широко распространённых дворянских или крестьянских фамилий центральной России. Скорее всего, она возникла в среде посадского или крестьянского населения, где прозвища были особенно живучи. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, что подтверждается данными современных телефонных справочников и архивов: носители фамилии Мухляковы фиксируются в Пермском крае, Кировской и Свердловской областях. Это может говорить о том, что прозвище закрепилось в вятских или пермских говорах.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к слову «муха» — это народная этимология. Глагол «мухлевать» скорее всего заимствован из польского «machlować» (обманывать) или немецкого «mauscheln» (жульничать, буквально «по-еврейски»), что указывает на довольно позднее, не ранее XVII века, вхождение слова в русский язык. Соответственно, и фамилия не может быть древней — её возникновение относится ко времени, когда прозвища на -як активно вытеснялись фамилиями, то есть к XVII–XVIII векам.