Скорее всего, прозвище Мухлыга восходит к глаголу «мухлять», имевшему несколько значений: «делать как ни попало», «хитрить, лукавить», «ерошить, взбивать». Следовательно, Мухлыгой могли называть и взъерошенного, непричесанного человека, и мошенника, хитреца, а также неумелого или ленивого работника. Согласно другой версии, прозвище Мухлыга восходит к диалектному нарицательному «махлай», что в архангельских говорах имеет значение «ушастая шапка». В этом случае таким прозвищем могли прозвать человека, который ходил в такой шапке. Однако, прозвище Мухлыга может относится и к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Не исключено, что предок обладателя фамилии Мухлыгиных занимался пошивом шапок. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мухлыга, со временем получил фамилию Мухлыгин.