Фамилия Мухлыгин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Скорее всего, прозвище Мухлыга восходит к глаголу «мухлять», имевшему несколько значений: «делать как ни попало», «хитрить, лукавить», «ерошить, взбивать». Следовательно, Мухлыгой могли называть и взъерошенного, непричесанного человека, и мошенника, хитреца, а также неумелого или ленивого работника. Согласно другой версии, прозвище Мухлыга восходит к диалектному нарицательному «махлай», что в архангельских говорах имеет значение «ушастая шапка». В этом случае таким прозвищем могли прозвать человека, который ходил в такой шапке. Однако, прозвище Мухлыга может относится и к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Не исключено, что предок обладателя фамилии Мухлыгиных занимался пошивом шапок. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мухлыга, со временем получил фамилию Мухлыгин. О точном месте и времени возникновения фамилии Мухлыгин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мухлыгин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.