Фамилия Мухоньков — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не географическое название, а, скорее всего, прозвище, связанное с насекомым. Корень здесь — «мух-» (муха). Но не всё так прямолинейно: в русских говорах слово «мухонь» или «мухонька» имело несколько значений. В одних диалектах так называли мелкую мошку, гнуса, в других — неопрятного, суетливого человека, который «мухой» мельтешит или, наоборот, от мух отмахивается. В любом случае прозвище Мухонь (или Мухонько) давали не за красоту, а за характерную черту поведения или внешности.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русской фамилии: «чей?» — Мухоньков, то есть сын или потомок Мухоня. Обратите внимание на «-оньк-»: это уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный суффикс. В отличие от простой фамилии Мухов (от «муха»), Мухоньков звучит «мельче», как бы с оттенком уменьшительности — не просто муха, а мухонька. Такая форма характерна для северных и центральных областей России, где прозвища с суффиксом -оньк- были распространены.

По сословной принадлежности фамилия — крестьянская или посадская. Дворяне с такой фамилией не зафиксированы. В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков Мухоньковы встречаются в основном в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях. Это подтверждает диалектную природу прозвища: именно в северных говорах слово «мухонь» (в значении «мошкара») было в ходу.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Мухоньков стоит особняком. Мухин, Муханов, Мухортов — все они образованы от разных основ: «муха», «муханый» (пятнистый), «мухортый» (масть лошади). А Мухоньков — единственный в этом ряду, кто сохранил уменьшительную форму. Это значит, что предок носителя фамилии был прозван именно с оттенком насмешки или жалости: не просто «муха», а «мухонька» — мелкий, назойливый или незначительный человек. Правда, со временем прозвище утратило отрицательный оттенок и стало просто родовым именем.