Фамилия Мурашенков образована от прозвища или имени Мураш. В южнорусских и украинских говорах «мураш» — это муравей. Прозвище могли дать человеку за трудолюбие, суетливость или, напротив, за мелкое телосложение. В фамилии закрепился суффикс -енков, характерный для фамилий, возникших в восточной части России (Рязанская, Тамбовская, Пензенская губернии). Он указывает на принадлежность по отцу: Мурашенков буквально значит «сын Мурашенка», где Мурашенок — уменьшительная форма от Мураш. То есть фамилия оформилась не напрямую от прозвища, а через промежуточную патронимическую форму.

Версия с именем Мураш менее вероятна, но возможна: в старых русских святцах такого имени нет, однако в народной среде могли использовать прозвищные имена по названиям животных и насекомых. Сравните с фамилиями Мурашов, Мурашкин, Мурашко — они однокоренные, но образованы по разным моделям. Мурашенков стоит особняком: суффикс -енков придаёт фамилии отчётливый «юго-восточный» отпечаток, тогда как Мурашов чаще встречается в центральных областях.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла два этапа. Сначала от основы «мураш» с помощью суффикса -енок (в диалектной форме -енок) образовали прозвище Мурашенок — так могли называть младшего члена семьи, например сына Мураша. Затем к этому прозвищу добавили притяжательный суффикс -ов, давший современное окончание. В итоге фамилия означает «потомок того, кого звали Мурашенок». Такая цепочка типична для фамилий на -енков, которые в XIX веке активно фиксировались в однодворческих и крестьянских слоях.

Сословная принадлежность у Мурашенковых, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией в российских родословных книгах нет. Географически фамилия тяготеет к Курской, Орловской и Воронежской областям, откуда впоследствии распространилась на юг и восток. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: вероятно, фамилия возникла в одном или нескольких соседних сёлах и не дала массового потомства.