Фамилия Мурсикаев — редкий случай, где тюркская основа почти не вызывает споров, а вот точное значение исходного слова остаётся загадкой. Это патронимическая фамилия, образованная по русской модели с суффиксом -ев от тюркского имени или прозвища Мурсикай. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Мурсикая» или «из рода Мурсикая».

Самая вероятная версия связывает основу с арабским именем Мурси, которое восходит к слову «муршид» — «наставник, духовный учитель». В тюркской среде, особенно у башкир и татар, имя Мурси (или Мурса) было известно, а добавление уменьшительно-ласкательного аффикса -кай давало форму Мурсикай — «маленький Мурси», «Мурсик». Такая модель словообразования (имя + -кай) типична для башкирской антропонимии: ср. Ахметкай, Хамиткай.

Вторая версия, менее убедительная, выводит основу из тюркского «мурса» — «кошка». Но тогда форма звучала бы скорее как Мурсакаев (от Мурсакай), а не Мурсикаев. Кроме того, прозвища, образованные от названий животных, в тюркских фамилиях редки и обычно имеют другое строение.

Географически фамилия Мурсикаев тяготеет к Башкортостану и соседним регионам (Оренбургская, Челябинская области). Встречается она нечасто, поэтому носители, скорее всего, связаны общим предком. Сословно предки Мурсикаевых могли быть как рядовыми башкирами-вотчинниками, так и тептярями — переселенцами, платившими оброк. Точных данных о дворянстве нет, фамилия не фиксируется в родословных книгах Российской империи.

В написании фамилии устойчива буква «и» в корне, что поддерживает версию с именем Мурси, а не с «кошачьим» корнем. Ударение, по разговорной норме, падает на второй слог: Мурси́каев, хотя в некоторых говорах возможно смещение на третий.