Фамилия Мустафокулов — нечастая, но прозрачная по происхождению. В её основе лежит имя Мустафакул, которое сложилось из двух арабских компонентов: «Мустафа» (избранный, один из эпитетов пророка Мухаммеда) и «кул» (раб, слуга). В мусульманской ономастике «кул» часто присоединяли к имени Аллаха или его пророка, чтобы подчеркнуть смирение и преданность. Полное имя Мустафакул можно понять как «раб Избранного», то есть слуга пророка.

Фамилию образовали по самой распространённой восточнославянской модели: к основе добавили суффикс -ов. Так тюркское или персидское по корням имя превратилось в русскую по форме фамилию. По той же схеме появились сотни других фамилий народов Средней Азии и Поволжья — от Абдуллоевых до Назаркуловых.

Носители фамилии Мустафокулов — почти наверняка выходцы из Узбекистана или Таджикистана. В русскоязычной среде фамилия закрепилась в советское время, когда при паспортизации 1920–1930-х годов местные имена массово русифицировали. До этого Мустафакул оставалось личным именем, а не наследственным родовым прозвищем.

Примечательно, что фамилия сохранила двойной ударный акцент: в разговорной речи её произносят и как Мустафоку́лов, и как Муста́фокулов. Первый вариант ближе к исходному имени, второй — к русской словообразовательной привычке ставить ударение на суффикс. Оба имеют право на существование, и это не ошибка, а живое свидетельство того, как фамилия адаптируется в новой языковой среде.