Фамилия Мякушка — редкий пример, где в основе лежит не имя и не ремесло, а бытовое прозвище, связанное с едой. Слово «мякушка» в русских говорах означало мякиш хлеба, то есть мягкую часть буханки без корки. Человек мог получить такое прозвище за мягкость характера, за то, что предпочитал есть только мякиш, или даже за профессию пекаря, который продавал хлеб. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от притяжательных прилагательных («чей сын?»), Мякушка — это фамилия с суффиксом -к(а), типичным для украинской, белорусской и южнорусской традиции. Она сохранила исходную форму прозвища без добавления родового окончания, как, например, фамилии Сорока или Шишка.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «мякать» — мямлить, говорить невнятно. В этом случае Мякушка — прозвище неразговорчивого или медлительного человека. Однако первая версия, с хлебным мякишем, кажется более естественной: такие «вкусные» прозвища встречаются часто (Корка, Сахар, Пирожок).

С географической точки зрения фамилия Мякушка встречается в основном на западе России — в Брянской, Смоленской областях, а также в Беларуси и на Украине. Это подтверждает её связь с южнорусской и западнославянской ономастикой, где уменьшительно-ласкательные формы на -ушка особенно популярны.

Исторически носители фамилии относились к крестьянскому сословию. Фамилия не дворянская и не купеческая — она закрепилась в среде, где прозвища давали по приметным чертам, внешности или привычкам в еде. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии почти не фиксировались, так как у крестьян их не было до отмены крепостного права. Массово Мякушка могла появиться в метрических книгах и ревизских сказках только в XIX веке.

Интересно, что фамилия не имеет «братских» вариантов с другими суффиксами (Мякушкин, Мякушков) — это говорит о том, что она закрепилась в узком локальном ареале и не распространилась по всей России. Сегодня Мякушка — редкая фамилия, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где прозвище передалось по наследству без изменений.