Фамилия Мышина — женская форма фамилии Мышин, и её происхождение прозрачнее, чем кажется на первый взгляд. Вопреки возможному предположению о связи с мелким грызуном, в большинстве случаев корень тут не прямой, а производный — от нецерковного имени или прозвища Мышь. Такие прозвища на Руси давали не за внешнее сходство с животным, а по поведению: тихому, незаметному человеку, умеющему «проскользнуть» незамеченным, или, наоборот, тому, кто суетится и «шуршит» по мелочам. В ономастике это типичная метафора, а не зоологическая характеристика.

По модели образования фамилия относится к «патронимическому» типу на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мышин — «чей?» — сын Мыши. То есть основа — прозвище Мышь, которое в старых русских документах встречается нередко. Например, в новгородских берестяных грамотах и писцовых книгах XV–XVI веков упоминаются крестьяне и посадские люди с таким прозвищем. Фамилия Мышина (Мышин) фиксируется в центральных и северных губерниях России, особенно в Вологодской, Костромской и Ярославской — там, где была сильна традиция бытовых прозвищ до введения обязательных фамилий.

Стоит упомянуть и менее вероятную, но возможную версию: фамилия могла возникнуть от названия профессии или места. В некоторых говорах «мышь» называли не только зверька, но и особый инструмент или деталь ткацкого станка. Если предок был ткачом или плотником, прозвище могло закрепиться по орудию труда. Однако эта гипотеза слабее: она основана на узкорегиональной лексике, а не на массовой практике именования.

С точки зрения социального состава, Мышины — это в основном крестьянский и мещанский род. В дворянские гербовники фамилия не попала, что типично для прозвищной модели без «благородного» суффикса -ский. Встречается и двойное написание — Мышина/Мышины, но без вариантов с буквой «ы» после шипящих, что указывает на устойчивость формы. Сегодня фамилия редкая, но не исчезающая: её носят около полутора тысяч человек в России, преимущественно в регионах Верхней Волги и на Урале, куда переселялись крестьяне в XIX веке.