Фамилия Надынина образована по древней и распространенной у славян модели: от личного прозвища или имени предка с помощью притяжательного суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Надынин буквально значит «сын (или потомок) Надыни». Такой способ именования широко представлен в ономастике восточных, западных и южных славян, хотя у каждого народа он приобретал свои оттенки.

В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Надыня. В древнерусской традиции имена, оканчивающиеся на -ыня, встречались нередко и часто несли экспрессивную, уменьшительно-ласкательную окраску. Сравните с другими подобными образованиями, которые давали жизнь фамилиям: например, Добрыня (от «добрый») или Путыня. Однако корень «над-» здесь не так прост, как кажется.

Самая правдоподобная версия связывает основу с глаголом «надыть» или «надымать», то есть «надувать», «раздувать». В диалектах это слово имело несколько значений: от физического действия до переносного — «обмануть», «надуть». Прозвище Надыня могли дать человеку с пышным телосложением, либо, наоборот, тому, кто любил прихвастнуть или ввести в заблуждение. Вторая, менее очевидная, но тоже возможная трактовка — от диалектного «надысь», что значит «недавно», «на днях». Так могли назвать позднего, «запоздалого» ребенка.

Суффикс -ыня в прозвищах часто выполнял роль усилителя, делая имя более ярким и запоминающимся. Поэтому Надыня могло быть не просто именем, а характеристикой человека — насмешливого, надутого или, напротив, веселого и шумного. Со временем прозвище закрепилось за потомками, и к XVI–XVII векам, когда фамилии начали массово оформляться, форма Надынин стала наследственной.

Интересно, что фамилия Надынина (женская форма) и Надынин (мужская) не имеют четкой географической привязки к одному региону. Подобные именования встречаются и в северных, и в южных русских говорах, что лишний раз подтверждает: прозвище было понятно носителям разных диалектов. Встречаются и однокоренные фамилии — Надымов, Надымовский, что указывает на общий корень, но разные пути словообразования.

Сословной принадлежности у фамилии не прослеживается: ее могли носить и крестьяне, и посадские люди. В документах XVII века упоминаются крестьяне с этой фамилией в разных уездах, но точных данных о едином родоначальнике нет. Как и у большинства русских фамилий, у Надыниной нет одного «знаменитого» предка, который бы ее прославил, — она ценна именно как свидетельство живого народного языка, где прозвище могло родиться из шутки, внешности или особенности характера.