Фамилия Нафтаев — редкий случай, когда прозвище почти наверняка связано с конкретным товаром, а не с именем или внешностью. Её основа — слово «нафта» (или «нафть»), которое в южнорусских и украинских говорах, а также в польском и белорусском языках означало «нефть», «керосин». Человек, получивший прозвище Нафтай, мог торговать горючим, работать на нефтяных промыслах или просто жить в местности, где добывали или продавали нефть. В XIX веке на юге Российской империи (Баку, Грозный, Майкоп) и в Прикарпатье (Дрогобыч, Борислав) слово «нафта» было бытовым, так что фамилия могла возникнуть именно в этих регионах.

Суффикс -ев указывает на русскую или украинскую патронимическую модель: «чей?» — Нафтаев, то есть сын Нафтая. Альтернативная, менее вероятная версия возводит фамилию к тюркскому имени Нафта (от арабского «нафт» — нефть), но в таком случае форма была бы скорее Нафтов или Нафта-оглы. Поскольку фамилия встречается в основном у русских и украинцев, версия с прозвищем по роду занятий выглядит убедительнее.

Интересно, что фамилия Нафтаев почти не фиксируется в дореволюционных метрических книгах центральных губерний — это говорит о её позднем оформлении и узкой географической привязке. Вероятнее всего, предки носителей этой фамилии были мещанами или крестьянами, занятыми в нефтяной торговле или перевозке керосина. В советское время фамилия не получила широкого распространения, оставаясь редкой даже в Баку и Краснодарском крае.