Фамилия Нагавкина — женская форма фамилии Нагавкин, которая образована от прозвища или нецерковного имени Нагавка. В основе лежит слово «нагавка» — так в русских говорах, особенно южных и рязанских, называли ногавку, часть одежды, закрывающую голень, или просто обмотку для ноги. В словаре Даля «нагавка» — это «обувка вроде чулка без подошвы, наголенок, штиблета». Прозвище Нагавка могли дать человеку, который носил такую необычную обувь, шил её или, возможно, имел какую-то особенность ног (например, хромоту, которую скрывал обмоткой).

Модель образования типична для русского ойконимического ареала: суффикс «-ин» указывает на принадлежность («чей?» — Нагавкин, то есть сын или потомок Нагавки). Фамилия закрепилась в центральных и южных регионах России, в частности, в Тамбовской, Воронежской и Рязанской губерниях, где диалектное слово «нагавка» было в ходу. Встречается также вариант Нагавкин с ударением на второй слог, что не меняет смысла.

Интересно, что фамилия Нагавкина не имеет отношения к «нагам» или «наготе», хотя внешнее сходство может ввести в заблуждение. Корень здесь — «гав-» (от «голень», «нога»), а не от «нагой». В некоторых говорах «нагавка» означала также «штанина», что подтверждает связь с одеждой, а не с телом. Если искать однокоренные фамилии, то это Нагаев, Нагибин — но они образованы от других основ («нагой» и «нагибать»), и путать их не стоит.

Сословная принадлежность носителей фамилии — в основном крестьяне и однодворцы. В ревизских сказках XIX века Нагавкины встречаются как государственные крестьяне, то есть лично свободные, но приписанные к казне. Фамилия не дворянская, не купеческая, что типично для прозвищной модели, уходящей корнями в бытовую речь. Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая — её можно встретить в Поволжье и на Урале, куда переселенцы принесли её из чернозёмных губерний.