Фамилия Наголенко — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с одеждой. Самый прямой и логичный источник — слово «наголенник». Так в старину называли часть обуви или защитную деталь одежды: голенище сапога, чулок без ступни, либо накладку на голень (от «голень» — часть ноги от колена до стопы). Прозвище Наголенок могли дать человеку, который носил необычные, длинные голенища, шил или продавал их, либо, по народной шутке, тому, у кого была заметная, «выдающаяся» голень.

Модель образования типична для украинских и южнорусских фамилий. Суффикс -енко (в значении «маленький», «сын» или просто «потомок») присоединился к основе «Наголен-». Получается «сын Наголенка» или «потомок того, кого звали Наголенок». Такая схема — одна из самых распространённых на Левобережной Украине и в прилегающих областях России, что сразу указывает на вероятный ареал возникновения фамилии: современные Сумская, Полтавская, Харьковская области или юг Курской и Белгородской областей.

Стоит заметить, что в русских говорах существовало и слово «наголенок» — часть сапога, охватывающая голень. Однако фамилия явно сложилась в украинской языковой среде: именно для неё характерен суффикс -енко, а не русские -ов или -ин. Если бы фамилия образовывалась в великорусских землях, мы бы, скорее всего, видели Наголенкова или Наголенина.

Есть и менее вероятная, но всё же возможная версия: от прозвища «Наголый» — то есть бедный, не имеющий одежды, «голый». Но в таком случае логичнее было бы ждать формы Наголенко от «Наголо» (как вариант — «обнажённый меч»), а не от «наголенок». Связь с деталью одежды выглядит убедительнее и объясняет корень без натяжек.

Встречаемость фамилии сегодня — средняя. Наголенко живут в основном на востоке Украины и в южных регионах России, что подтверждает связь с исторической Слобожанщиной. Сословного барьера у фамилии не было: прозвище могло закрепиться и за крестьянином, и за казаком, и за ремесленником. Никаких свидетельств о дворянском происхождении или принадлежности к духовенству нет — это фамилия простых людей, получивших её за внешнюю примету или занятие.